תופעות הלוואי של טיפול בחמצן הן מינימליות. תופעת הלוואי השכיחה ביותר היא תחושת לחץ באוזניים ובסינוסים הנגרמת כתוצאה מהשינוי בלחץ. כדי למזער סיכון זה, מטופלים לומדים טכניקות במהלך שלבי הדחיסה והפחתה של הלחץ בתא – בליעה או פיהוק כדי לשחרר את הלחץ באוזניים. לעיתים, חלק מהמטופלים עלולים לחוות שינויים בראייתם במהלך תקופת הטיפול, אך זה בדרך כלל רק עם לחצים גבוהים של חמצן ומשכי טיפול ארוכים. כאשר הם מתרחשים, שינויים אלה הם בדרך כלל קלים וזמניים